El Museu de l’Educació de les Illes Balears té els seus fonaments arrelats en el Museu Pedagògic Provincial de Balears, un centre de recursos i de formació del professorat imitació del Museo Pedagógico Nacional de Madrid que Manuel Bartolomé Cossio dirigí des de 1882 fins 1929 i per on se van introduir a Espanya els nous mètodes d’ensenyament que triomfaven a tota Europa. El 1918, la Diputació Provincial, sota la presidència de Lluís Alemany i l’impuls de l’inspector Joan Capó i Valls de Padrines, va destinar un pis de l’edifici de La Misericòrdia de Palma a la creació del nostre museu pedagògic. La institució va ser la segona de tot l’estat, i va romandre en funcionament fins l’esclafit de la guerra civil.
Als seus inicis, no tenia un caràcter pròpiament museològic, no obstant, la seva mateixa dinàmica comportà la creació d’un fons documental que si bé no era de caràcter merament expositiu, si que suposà la recopilació d’un material físic i bibliogràfic.
Les dependències de La Misericòrdia eren un espai d’uns dos-cents metres quadrats, envoltat tot de llibres on detacava una secció de pedagogia molt actualitzada i pendent del dia a dia en el món educatiu. El fons bibliogràfic ja estava classificat segons una classificació decimal, no sabem si la de Dewey o la Classificació Decimal Universal, filla de la primera. Comptava a més amb un espai específic per a emmagatzemar material per a l’experimentació pedagògica i psicològica.
El Museu també realitzava exposicions monogràfiques com ara de dibuix infantil, treballs manuals, quaderns de rotació, o fins i tot de plantes en cossiols, tot fruit de la tasca escolar la qual tenia una gran importància per al desenvolupament de la nostra pedagògica.
El 1933 el Museu se trallada a l’edifici de Consolat de Mar el que va suposar una millora quant les seves instal·lacions. A mode d’exemple, durant aquest període els mestres germans Crespí van construir un estel·lari on es podein veure ill·luminades tant les constel·lacions una a un com el conjunt total. Les estrelles tenien unes dimensions proporcionals, determinades per la seva magnitud i el conjunt estava muntat al sostre d’una de les sales.
Malauradament, tot això es va acabar a l’inici de la Guerra Civil amb l’ordre de desallotjar l’edifici per a instal·lar les oficines de Falange. Aquest fet suposà la paulatina desaparició del fons del Museu que fou espenyat, directament sostret o destruït.
Durant el seu període de funcionament, el Museu comptà fins i tot amb una secció de Psiquiatria Infantil organitzada per Joan Capó i dirigida per Joan Ignaci Valentí, llavors subdirector del Manicomi Provincial. Se pot considerar aquesta secció com l’antecedent dels actuals serveis d’orientació psicopedagògica per quant se feien sessions setmanals per explicar i debatre sobre temes actuals de psiquiatria a partir de les publicacions del moment. Aquesta secció, entre d’altres, serveix per fer palès el caràcter d’actualitat de la institució i del seu compromís amb els nous corrents de l’època.
Finalment, mencionar que el Museu va publicar nombroses obres de Capó i altres autors, així com un Boletín Pedagógico. També, organitzà viatges formatius, entre d’altres, a Suïssa, França i Bèlgica on alguns mestres van visitar escoles i pogueren aplicar els mètodes apresos a les seves escoles de les Illes. Els viatges serviren per a fer acopi de material, tan bibliogràfic com de produccions escolars, i promogué la correspondència de mestres mallorquins amb les escoles visitades. Cal destacar la visita d’Ovide Decroly, Alexis Sluys i Madame Daems-Bries.