L’IES Binissalem va ser creat pel decret del Govern de la CAIB 25/2005, de 4 de març (BOIB Núm. 41 del 12/03/2005) i va començar la seva activitat el curs 2005-2006 amb 1r, 2n i 3r d’ESO. El curs 2006-2007 es va incorporar el 4t d’ESO i a partir del curs 2007-2008 es van implantar la modalitat de batxillerat d’humanitats i ciències socials i la de ciències de la natura i la salut, amb autorització administrativa de l’Ordre del conseller d’Educació i Cultura de 14 de maig de 2010 (BOIB Núm. 81 de 01/06/2010).
L’IES Binissalem té autoritzat el cicle formatiu de grau mitjà en Olis d’Oliva i Vins (INA22) i va començar a impartir-lo el curs 2019-2020.
