“S’Institut” com tothom el coneixia fins fa ben poc, va ser l’únic centre d’ensenyament secundari a les Pitiüses durant més de cent anys . Va tenir una primera localització en unes dependències de l’antic “Convent” dels dominics a Dalt Vila.
Aquests frares havien arribat a Eivissa, sol.licitats per la Universitat el 1586, perquè es dedicassin a l’ensenyament i s’establiren primerament a Nostra Senyora de Jesús, al Pla de Vila, a l’antic monestir dels franciscans…
Com que la ubicació era perillosa, demanaren a la Universitat un solar intramurs per construir-se un monestir, iniciat el 1599. Queda el conjunt arquitectònic, que és de l’estil barroc amb pintures al fresc del segle XVII; del XIX són les de la volta de la nau principal.
En 1708 funden una “escola gratuïta per llegir, escriure i comptar”. El 1835, com a conseqüència de la desamortització de Mendizábal, el convent pasa a ser propietat de l’Ajuntament d’Eivissa, que hi situà la seua seu.
Aquesta Institució municipal va cedir unes sales al “Colegio de Segunda Enseñanza”, depenent de l’Institut Balear (dirigit per Francesc Manuel de los Herreros), del qual va ser primer director Joan Mayans Marí, “don Juanito”, entre 1868 i 1928. Ell va ensenyar, per darrera vegada a Eivissa, el trívium i el quadrívium… Fou organista de la Catedral i, ocasionalment, del “Convent” i un distingit violinista. El pintor eivissenc Narcís Puget i Viñas el va immortalitzar com a mestre -retrat que presideix des de llavors una sala del nostre Institut- i, com a músic, en l’obra “L’organista”. Al nostre Centre resta una làpida de 1928, oferida per tots els eivissencs “en homenaje de veneración y gratitud”.
El finançament d’aquest col.legi corria a càrrec de la Diputació Provincial i de l’Ajuntament d’Eivissa. Va viure anys de moltes dificultats i d’estretors econòmiques per manca d’alumnat, de retard en el cobrament de les subvencions, inestabilitat del professorat… entrebancs que varen fer que diverses vegades es trobàs amenaçat de tancament. Aconseguí la consolidació definitiva quan el 1928 fou elevat a institut local. Les gestions del diputat Pere Matutes Noguera aconseguiren que el 1934 fos declarat definitivament “Instituto Nacional” pel ministre d’Instrucció Pública, el senyor Filiberto Villalobos González, amb la qual cosa se n’asseguraven tant el finançament com l’estabilitat per al professorat.
Després d’un llarg període de postguerra amb l’aturada de totes les innovacions que havia suposat la II República en l’àmbit educatiu, el 1952 es creà una comissió per redactar un pla d’ordenació cultural per a l’illa d’Eivissa, que era integrada per Manuel Sorà Boned, director de l’Institut, José M. Mañá de Angulo, director del Museu Arqueològic, Josep Zornoza Bernabeu, director de l’Escola d’Arts i Oficis i Antoni Guasch Juan, director de l’Escola Graduada d’al·lots; aquell pla ja constatava la necessitat de construir un nou edifici per a l’Institut i recordava que l’Ajuntament havia cedit el solar corresponent, a la sortida de la carretera de Sant Antoni, davant la fàbrica de Can Ventosa.
El nou edifici, però, no s’inaugurà fins a l’any 1962. Mentrestant continuava ocupant diverses aules en un edifici que compartia amb les oficines de l’Ajuntament, la presó i altres escoles de primària. Durant aquest període destacaren els actes culturals, conferències i altres activitats que s’hi organitzaven, en especial les activitats desenvolupades amb ocasió de la festivitat de Sant Tomàs d’Aquino, patró dels estudiants. També cal apuntar la creació d’una estudiantina gràcies a l’entusiasme del professor de llengua i literatura Sr. Tormo.
Amb l’explosió demogràfica que varen patir les illes Pitiüses al llarg del decenni dels seixanta, aviat el nou edifici fou insuficient per atendre tota la demanda d’alumnes i s’hagueren d’organitzar torns de matí i tarda per tal de poder atendre una matrícula que s’acostava al miler d’alumnes. Els al·lots hi anaven al matí i les al·lotes a la tarda. El pati de l’institut era la plaça de l’Ajuntament i allí els al·lots hi feien també la gimnàstica; les al·lotes la feien al baluard de Santa Llúcia. L’Institut Santa Maria era l’únic de les illes d’Eivissa i Formentera i havia d’atendre tot l’alumnat de secundària.
Del professorat d’aquell període cal destacar Manuel Sorà Bonet, catedràtic de geografia i història, magnífic orador i director des de 1934 fins a la seua jubilació l’any 1970. La primera dona que accedí al professorat fou María Covadonga Pérez-Peñamaría i després la seguí Aurora Pineda Ramon. També hi impartiren classes al llarg de molts d’anys Isidor Macabich Llobet, de religió; Maria Estela Juan Hernández, de llengua i literatura; Màrius Tur de Montis, de matemàtiques; Cristóbal Guerau de Arellano, de francès; Vicent Bufí Costa, de llatí; Antoni Roig Quetglas, de francès; Alexandre Llobet, d’anglès; Josep Tur, de física; Jeroni Binimelis, de ciències; Josep Zornoza Bernabeu, de dibuix.
Ja al nou edifici, s’afegiren al claustre nous professors, com Vicent Ferrer Guasch, de dibuix; Pascual García Molina, de llatí; María de los Llanos Lozano Guevara, de filosofia; Antoni Planas Palau, de física i química; Vicent Riera Palau, de llatí; Àngels Mayans, de grec; Gabriel Sorà Torres, d’història; Josep Marí, de dibuix; Rosa Vallès Costa, de geografia i història; Magdalena Pereira, Jesús Núñez Pérez-Galdós i Vicente Chordà, de formació de l’esperit nacional; Catalina Tur, Júlia Cano i Josep Torres Colomar, de gimnàstica… Hi havia assignatures que únicament s’impartien a les al·lotes per preparar-les per ser unes bones mestresses de casa, eren “corte y confección, hogar y labores”, impartides per M. Luisa Gallo, Maria Verdera, Assumpció Pereira i Maria Guasch i molts d’altres que al llarg de la seua història han passat per les seues aules.
També cal anomenar alguns professors que només hi han exercit la docència durant alguns anys, però que després han destacat dins el món de la literatura i la política, com és el cas de Francesc Parcerisas, Antoni Marí Muñoz i Josep Maria Sala-Valldaura; Joan Marí Tur, conseller a diverses legislatures i vicepresident del Parlament Balear, o Cristòfol Guerau d’Arellano i Tur, professor de ciències, expert en botànica i un dels capdavanters de l’ecologisme pitiús. També el nou edifici fou el nucli cultural de la ciutat durant molts d’anys, quan les infrastructures culturals eren ben minses; així l’Institut d’Estudis Eivissencs hi celebrà les primeres edicions del Curs Eivissenc de Cultura i els primers cursos de llengua catalana que va impartir.